第4章 孙袁二将获新生，崇祯变法大明盛
处置完这些威胁后，崇祯现面对的问题是无人可用。考虑再三之后，崇祯喃喃说了一句：“只能再用他们了！”
金陵锦衣卫的昭狱中，本被赐死的前任兵部尚书袁崇焕出现在狱中，他双手拷着镣铐，大骂着崇祯：“崇祯！你这个该千刀万剐的汉子，你凭什么把我打入昭狱？我为大明卖过命，我为大明流过血！你凭什么夺我兵权，啊？你凭啥啊！”
“别喊了，”旁边的孙传庭说道，“你要是让崇祯听见的话，我们也就到时候了。”
“那又怎样？”袁崇焕吼道，“老子今天就是要骂这个千刀万剐的崇祯，死了也赚了！咱几个早死早超生！”
“因为我是皇帝！我说的话就是圣旨！”崇祯从暗处走了出来，说道，“把两位大人的镣铐解开吧。”
解开镣铐后，袁崇焕毕竟是战场出来的猛将，看了崇祯也没有胆怯，也没多说什么废话，吼道：“废话少说，这次又要去哪？行刑房？昭狱衙门？还是法场？”
“去统军！”崇祯说着，便把自己的龙袍披在袁崇焕的遍体鳞伤的身上，“你们已恢复了一切职务，继续统帅千军万马，但有一条件：忠于大明，杀敌报国！”
袁崇焕和孙传庭被崇祯的此番举动震惊了，一句话都没能说出。见此情形，崇祯又说道：“不必怀疑，我刚刚说了‘我的话就是圣旨’！君无戏言，两位先生，让你受苦了，你们想要什么，我都会从重考虑的！”
听完这番话，袁孙二人便扑的一声跪在崇祯的面前，郑重地磕了一个头，说：“遵皇上命，定为大明杀敌报国！”
袁崇焕和孙传庭一被重用，便开始整顿明军体制：废除卫所制度，改为各县各城定期募兵，并统一发放军饷，将南方军队确定编制，下面编制摘录于1644年9月的全国公旨：
12兵3士设伍，3士称士官，为首者称伍长；4伍3尉设队，3尉称尉官，为首者称队长，其余2尉称队附；4队3夫称旗，3夫称夫长，为首者称旗官，其余2夫称旗附或副旗；4旗3保称标，3保称保班，为首者称标座，其余2保为标从；4标3宗称穆，3宗称宗长，为首者称穆班，其余2宗称穆从；4穆3旅称道，3旅称旅长，为首者称道班，其余2旅称道从；4道3领称营，3令为首者称总兵，其余2领称监兵；6及上营3将称军，3将为首者称大将，谋略者称参将，剩余1将称次将。
而为了方便管理，崇祯将汉地十八省编成了几个大兵团：
江苏、安徽、浙江和上海四个省级地区设江南兵团，称第1兵团；
江西、福建、湖南和湖北四省设东南兵团，称第2兵团；
山东、山西、直隶(河北)和河南设华中兵团，称第3兵团；
广东、广西、琼州三省设华南兵团，称第4兵团；
陕西、宁夏、甘肃三省和10年后新增的内蒙设关中兵团，称第5兵团；
云南、贵州、四川和榆林(重庆)四省设西南兵团，称第6兵团；
在编制颁布后又颁布军令（摘录于1645年明军敕令）：
凡在编制内士兵一律不得于节假外私自外出、酗酒、赌博、斗殴、嫖娼者，违者军棍15，并罚处2日营区劳务；凡肆意克扣部下军饷之军官，直20两银钱内没收或赔偿同等银钱并调至他岗，且受监察1月，直200两以内，除上述处罚外另降级一等，直800两以内，增停职入狱1年，直1贯200两以内，延长4年并革除军籍，永不再用；直1贯200两之上，直接处死；凡在开赴异地时损坏百姓房屋及家畜者，按市场所值赔偿；在外杀人者与平民同罪，交由当地衙门审理。
在点将方面，朝廷重用郑氏父子，黄得功和李定国等一众名将，并在黄公辅及崇祯的督办下于上沪（今上海）建立了中国历史上第一座正规军械制造部门——大明上沪军备所，每天能够生产大量的火器和弹药，为中国近代军工道路作出了不可磨灭的贡献！在之后，又在宁波、汉阳、九江、南昌、闽侯、厦门、广州、安庆、南京、杭州、长沙和宜昌等22城兴办类似的军械所。
此外，黄公辅、张煌言、史可法、孙传庭、李定国等上奏崇祯请求改革科举，虽然有很激烈的反对，而崇祯则直接杀光了反对的几个大臣，力排众议批准了此奏。
改革措施如下：
翰林阁拆分出内阁和翰林院。内阁作为商讨各大要事的部门，各部门和军中的官员都可以在此，被称为议员。其中一般事务由议员投票选举，以少数服从多数为原则，而皇帝有一票否决的权力和一人提出修改法律的权力(一般需要10个议员提出)。共计260席，其中皇族拥有40席，军人拥有60席，文官拥有60席，百姓和商人各占50席。而改革后的阁老则是在一般事务里代理朝政，被称为内阁首辅或者总理大臣。第一任则正是黄公辅。
现存下来的翰林院则是担负撰写明朝典籍和知识，编纂为《崇祯文教录》作为各地的私塾和学堂的指定教材。而崇祯下令在全国各地兴办官办学堂，制定统一收费标准。虽然价格高昂得使得大部分底层的农民和工人无法去上，但也使得中农富农以及城市内新兴的以置办集中式手工工坊等具有资本主义框架的产业而崛起的新士绅阶层提升了文化素养。
文举废除八股取士，采用翰林院共同编撰的教材及指定书本为考试范围，并在进士科内科考内容改为：文赋、速写、律法、医药、财经及外语（英语、西班牙语、葡萄牙语、荷兰语、俄语、阿拉伯语和日语）5目，其中文赋及律法为必考目；此外开设天工科，下有器械制造、气象测绘、几何算术、航船制造、石木工程、火器制造和军器制造6目，只有几何算术是考目。
武举将传统的武斗比拼归为体术科，并增加船只操作、战场应变、骑马驾车、火器操作、侦查敌情、重装越野、轻装赛跑、出入秘境7目，重装越野、战场应变、轻装赛跑、武斗比拼和火器操为必考目；而武举则新增谋术科，不同于武术基本是舞刀弄枪的粗人，他们多半是细皮嫩肉的文人，也不乏有体术科的因为该科并不需要在前线战斗，谋术科下涵战役谋术、审讯目标、战争方略、逻辑推导和兵法应用5目；而其中，逻辑推导和兵法应用为必考目。
相应的，政府也是增设了许多相关部门，如官府捕快由体术科的侦查敌情及轻装赛跑为优先录取；中央朝廷则是改为：兵部、农部、财部、礼部、户部、刑部、吏部、工部、商部9部与翰林院、谋略院、锦衣院3院和内阁36阁士组成的1阁3院9部组成的高效国家核心，而市舶司也重新开放，取消海禁，并添厦门、泉州、广州、福州、上沪、江都（今武汉）、南京、杭州、宁波、安庆、九江为对外商埠，在全国完成统一后增天津、旅大、北京、承德、唐山、青岛、常山、开封、洛阳、长安、伊犁等30地通商。
而在此之时，崇祯下达了一条开创性的律法：凡在所在地劳务或在所居住地服兵役达10年以上者，可落户于该地。如此一来，大批大批的流民开始投入生产。明军也是在这3年内扩充至惊人的大约700万军队。
经过6年的休养生息中，南明的军队由如同一盘散沙的杂兵摇身一变为一支训练有素的铁军，颇有几分像曾经的洪武大帝的朱元璋统帅的红巾军的风采！
五月中旬，崇祯登上了唐朝时期的郭子仪的椅子山练兵场开始检阅袁崇焕练出的新军。
只见袁崇焕射出一支哨箭，声势浩大的崇祯大阅兵在哨箭的嘶吼声中开始了！
只见一支身着新式服装的步兵上场了！他们头顶大沿钢盔，身上只披了件很像坎肩的轻型鱼鳞甲，腕备皮护腕，腰挎雁翎刀，背戴铁盾，肩扛火铳，而里面则是穿了一件很像满人的大褂，下身则是只有一副护膝和一双长靴，而小腿上则是捆了一条布。袁崇焕解释道，这是他结合满人和汉人的服饰特点而设计出的服饰，适于活动，后世称此服饰为“高宗服”。
下一个是骑兵，服饰和步兵一样，但铳则是变为了短铳，而且一次能够发射多发弹丸。
而最让袁崇焕自豪的就是炮兵，只见炮兵头戴范阳帽，身上没有披甲，武器也只是戚家刀，铁盾和短铳，但让崇祯最为激动的是：这改良过的弗朗机炮在保留了传统弗朗机炮的特点，还将一些方面加强，比如射程，最远的有效距离竟然比曾经的红衣大炮还多出至少半倍；发射的炮弹威力也是比红衣炮和弗朗机的炮弹还大，种类更多，能够发射龙息弹(即燃烧弹)，以及传统的破片弹；而且这炮居然可以只用两匹马！看到这一幕，崇祯欢喜地抚掌不止，连声叫好。
崇祯对袁崇焕的新式明军十分满意，在阅兵结束的两天后的朝廷中下令：“既然袁爱卿的新军如此优秀，那么我们就开始着手对满人和匪军展开反攻！”
一旁的兵部右侍郎李定国说道：“禀皇上，末将愿率我南府军三万之众做先锋！一月内，必夺取临淄(今济南)！”
“好！”崇祯大喜，“那就由你统帅我南府军和南直隶的六万步兵一万骑兵以及百门火炮做东路军，夺取山东，抵达沧州，消灭李自成在山东和豫东的有生力量并保证京杭大运河的山东至杭州的运输安全！”
“末将领命！”
崇祯接着说：“郑芝龙率领步兵六万，马兵两万及百门新式弗朗机重炮做预备部，镇守襄阳，并监视张献忠部！”
“嗻！”
“而水路则由郑成功率领蜈蚣重船四十余艘，载兵十万，新弗朗机炮百门从淞沪港出发，登陆并占领潍坊和东营，策应李定国部！”
“嗻！”
“而袁尚书则率领最精锐的关宁铁骑和禁军，并率领湖广，江西的十五万步兵，四万骑兵和一百五十余新弗朗机炮夺取邯郸，咸阳(今太原)和常山(今石家庄)三镇，朕将御驾亲征，坐镇中路军！待到三路大军已到达指定位置，就即刻向直隶靠拢！与吴三桂的勤王军会师于京师！”
“嗻！”众将纷纷领命前去准备。